Toàn bộ số Marder II được huy động tham gia toàn bộ các trận chiến ở cả hai mặt trận, nhưng chủ yếu là hoạt động ở mặt trận phía Đông.

Marder II được phân vào các sư đoàn Panzerjäger Abteilungen, SS và thậm chí cả hoạt động cho cả Luftwaffe.

Điểm yếu nhất của Marder II chính là lớp giáp bọc quá mỏng, phần tháp pháo quá thấp khiến cho bộ binh dễ dàng tấn công bằng lựu đạn hoặc súng bắn tỉa bình thường. Ngoài ra, động cơ yếu làm cho Marder II di chuyển không nhanh lắm và dễ trở thành mục tiêu cho lực lượng thiết giáp đối phương.

Marder II không thể hoạt động trong thành phố vì có khá nhiều điểm yếu khiến cho bộ binh dễ dàng tiếp cận và tiêu diệt. Tuy nhiên nếu như biết cách sử dụng Marder II với vai trò các ụ pháo tự hành thì sức sát thương của nó sẽ rất lớn. Trong thực tế, quân Đức không bao giờ sử dụng Marder II trong vùng nội thành (urban) mà chỉ toàn sử dụng nó tại các pháo đài, ụ pháo canh phòng,...